Il MUMA è ospitato nella ex Chiesa presente nel Bastione Santa Maria all'interno del complesso monumentale “Castello di Milazzo”.

Il Complesso ha una superficie di oltre 7 ettari e rappresenta la cittadella fortificata più grande di Sicilia; 12.070 mq sono coperti da fabbricati e si staglia sul paesaggio di Milazzo alla sommità dell’antico “Borgo” configurandosi come uno dei complessi fortificati più significativi d’Europa. Il complesso monumentale fonda le ragioni della sua collocazione sullo straordinario valore strategico della penisola di Milazzo che si protende verso le Isole Eolie, a presidio di una rada naturale che ha costituito da sempre uno dei porti più importanti della Sicilia. “La Cittadella Fortificata” rappresenta infatti uno dei pochi esempi di architettura militare in cui ancora esistono sistemi difensivi realizzati nel corso di circa 10 secoli da chi governava questo territorio. Occorre sottolineare che il sito non ha avuto sempre valenze esclusivamente militari, essendo stato, anche, parte di un borgo medioevale, nella zona compresa fra la Cinta Aragonese e quella Spagnola.

Dopo un breve periodo sotto la dominazione  Angioina, subentrano gli Aragonesi;  sotto Alfonso il Magnanimo il castello viene ristrutturato e alla fine del ’400 per volontà di Ferdinando il Cattolico, viene costruita la “Cinta aragonese”, che ingloba la struttura federiciana. Si ritiene che nei primi decenni del 1500 inizino i lavori per la costruzione della “Cinta spagnola”, struttura che include il vecchio abitato medievale che in quest’area si era sviluppato nel corso dei secoli e che è in parte visibile negli scavi all’interno. Tra il ‘600 e il ‘700, qui erano presenti vari edifici civili come il Palazzo dei Giurati  situato di fronte al Duomo Vecchio.

Nel 1860 dopo la conquista di Garibaldi, l’esercito borbonico abbandona il presidio che aveva nel castello.

Dal 1880 al 1959  la struttura viene adibita a carcere. Dopo un lungo periodo di abbandono e incuria, tra il 1991 e il 2002, e tra il 2008 e il 2010, il complesso è stato oggetto di due importanti restauri.